La estructura organizativa funciona en distintos niveles:

• Los miembros del equipo central tienen a su cargo velar por las vicarías territoriales (dentro de las cuales están los decanatos).
• En cada decanato hay coordinadores que trabajan con las parroquias de su zona.
• Estos coordinadores son acompañados por el encargado del decanato y, a su vez, mantienen comunicación con el delegado del equipo central.

De esta manera, se logra un trabajo en red y ramificado, que permite estar en constante coordinación y alentar las actividades que la Pastoral de la Salud propone a lo largo del año.